Yaxchilan nằm ở bờ nam sông Usumacinta, ở đỉnh của một con đường uốn khúc hình móng ngựa.[7] Vòng lặp này bảo vệ địa điểm trên tất cả các mặt ngoại trừ cách tiếp cận khu vực đất hẹp từ phía nam.[3] Địa điểm này nằm cách thượng nguồn 40 kilômét (25 mi) từ tàn tích của Piras Negras, đối thủ chính của nó.[8] Yaxchilan cách tàn tích Bonampak 21 kilômét (13 mi).[9] Địa điểm này nằm ở đô thị Ocoseo thuộc bang Chiapas, phía Mexico gần biên giới quốc tế với Guatemala, theo dòng sông.[10] Đó là 80 kilômét (50 mi) về phía hạ lưu từ địa điểm Maya Altar de Sacrificios.[3]